<?xml version="1.0" encoding="utf-8" standalone="yes"?><rss version="2.0" xmlns:atom="http://www.w3.org/2005/Atom"><channel><title>2018s on TouchingFish.top</title><link>https://touchingfish.top/2018/</link><description>Recent content in 2018s on TouchingFish.top</description><generator>Hugo</generator><language>zh-cn</language><lastBuildDate>Thu, 28 Jun 2018 00:00:00 +0000</lastBuildDate><atom:link href="https://touchingfish.top/2018/index.xml" rel="self" type="application/rss+xml"/><item><title>日本鳗鲡人工繁殖与基因组学研究综述</title><link>https://touchingfish.top/2018/japanese-eel-review/</link><pubDate>Thu, 28 Jun 2018 00:00:00 +0000</pubDate><guid>https://touchingfish.top/2018/japanese-eel-review/</guid><description>&lt;p&gt;前阵子翻出这篇旧文，看了几行就有点坐不住了。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;怎么说呢——那会儿的我，写文章像在完成任务。&amp;ldquo;具有重大的意义&amp;quot;几个字打出来，自己都不带眨眼的。「综述」写成这样，倒也不是没有先例。程老师当年就说过，本科生写论文，先学会&amp;quot;搭架子&amp;rdquo;，内容好不好先放一边，架子要像那么回事。于是我学会了用&amp;quot;随着……的发展&amp;quot;、&amp;ldquo;具有……的意义&amp;rdquo;、&amp;ldquo;为……提供理论依据&amp;quot;这种句式来填充段落。写的时候觉得自己还挺像回事，现在回头看，妥妥的学术八股。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;不过话说回来，这篇文章倒也不是毫无可取（笑）之处。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;第一，引用格式混乱。那会儿还不知道文献管理工具为何物，全靠手打。参考文献列表里期刊名、年份、卷期页码随时可能缺斤少两，现在看着都想给自己一拳。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;第二，专业术语不统一。鳗鲡的性腺发育分期，一会儿用罗马数字，一会儿用阿拉伯数字，同一篇文章里出现了至少三种写法。HPG轴写成&amp;quot;下丘脑-脑垂体-性腺轴&amp;rdquo;，第一次见的人估计得愣半天。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;第三，逻辑断层。最明显的是第三章讲基因组学，前面还在说鱼类的全基因组测序进展，突然跳到日本鳗鲡的转录组学研究意义，转折生硬得像两块没打磨的木头硬拼在一起。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;第四，没有批判性思维。写综述嘛，总要评价一下前人工作的不足。但整篇文章读下来，几乎全是&amp;quot;XX研究表明&amp;quot;、&amp;ldquo;XX认为&amp;rdquo;，很少看到&amp;quot;然而该研究存在以下局限&amp;quot;、&amp;ldquo;相比之下，本研究……&amp;ldquo;这种主动出击的句子。倒不是想不到，纯粹是文献看多了，被带着走，没有自己的立场。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;第五，结尾草草收场。每一章越写越短，最后一段写完，自己都觉得心虚——&amp;ldquo;日本鳗鲡相关功能基因的变化&amp;quot;这句话搁这儿摆了三行，像是在说&amp;rdquo; future work&amp;rdquo;（其实确实是）。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;但我后来想想，也不用太苛责当时的自己。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;那时候我刚学会查文献、读文献，能写成现在这样，已经超出了我的预期——至少格式上像个论文的样子，引用虽然乱但数量管够，内容虽然浅但覆盖面广。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;更重要的是，这篇文章让我第一次真正接触到了学术写作。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;写综述是训练逻辑思维的好方法——你得把别人的东西消化完，再用自己的话重新讲出来，还要讲得清楚、讲得有条理。这话我记到现在。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;后来我走了生物信息的路，鳗鱼的事便没有继续。再后来听说老师回了台湾，实验室也散了。那些养在池子里的鳗鱼，大概也不知道曾有一群本科生为它们写过一篇&amp;quot;综述&amp;rdquo;。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;有时候翻到这篇文章，会想起那段在专家办公室开组会、在小会议室看切片的日子。程老师总说，做研究要有耐心，要肯花时间。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;我当时似懂非懂，现在回头看，那篇综述大概是我第一次体验到什么叫时间流逝飞快——写进去就出不来的感觉，忘了吃饭，忘了看手机，一抬头天都黑了。后来我自己回想，这也许是我觉得自己适合做科研的线索之一吧。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;丑是丑了点，但也是我写的。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;2021年冬&lt;/p&gt;
&lt;hr&gt;
&lt;h2 id="摘要"&gt;摘要&lt;/h2&gt;
&lt;p&gt;日本鳗鲡（&lt;em&gt;Anguilla japonica&lt;/em&gt;）是东亚地区最重要的一种长距离降海洄游鱼类，是我国鳗鲡人工养殖的主要品种及开展人工繁殖技术研究的重要实验对象。日本鳗鲡具有特殊的生活史，养殖所用的鱼苗依赖于天然捕捞。然而近年来，鳗苗的资源状况持续波动，捕捞量总体上呈下降的趋势，因此研究日本鳗鲡人工繁殖技术非常重要。本文从雌雄鉴别、组织形态学、生理学、催熟催产、生态因子影响等方面，对我国关于鳗鲡繁殖研究进展进行了简单的回顾。综述表明，尽管日本鳗鲡人工繁殖研究已取得一定进展，但亲鱼性腺发育调控机制尚未完全阐明，催产成功率与苗种培育技术仍有待突破。此外，功能基因组学的发展为解决上述问题提供了新的思路，或将成为未来研究的重要方向。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;&lt;strong&gt;关键词&lt;/strong&gt;：日本鳗鲡；人工繁殖；功能基因组学&lt;/p&gt;
&lt;h1 id="1---日本鳗鲡"&gt;1. 日本鳗鲡&lt;/h1&gt;
&lt;h2 id="11-日本鳗鲡的遗传分类"&gt;1.1 日本鳗鲡的遗传分类&lt;/h2&gt;
&lt;p&gt;日本鳗鲡（&lt;em&gt;Anguilla japonica&lt;/em&gt;）是鳗鲡属（&lt;em&gt;Anguilla&lt;/em&gt;）下的品种之一。与其他各物种一样，鳗鲡分类标准有形态学、细胞学、生化遗传学、分子遗传学等。在很长的时间内，国内外学者对鳗鲡的分类问题持有不同的意见，至今仍没有定论。到2007年为止，我国已定名并记载了8种鳗鲡，分别是日本鳗鲡（&lt;em&gt;A. japonica&lt;/em&gt;）、花鳗鲡（&lt;em&gt;A. marmorata&lt;/em&gt;）、中华鳗鲡（&lt;em&gt;A. sinensis&lt;/em&gt;）、短头鳗鲡（&lt;em&gt;A. breviceps&lt;/em&gt;）、疏斑鳗鲡（&lt;em&gt;A. elphinstonei&lt;/em&gt;）、云纹鳗鲡（&lt;em&gt;A. nebulosa&lt;/em&gt;）、乌耳鳗鲡（&lt;em&gt;A. nigricans&lt;/em&gt;）和福州鳗鲡（&lt;em&gt;A. foochowensis&lt;/em&gt;）&lt;sup id="fnref:1"&gt;&lt;a href="#fn:1" class="footnote-ref" role="doc-noteref"&gt;1&lt;/a&gt;&lt;/sup&gt;，后来分布于台湾的双色鳗鲡（&lt;em&gt;A. bicolor&lt;/em&gt;）也被补充记录入册，大多数学者对世界上总共有19种鳗鲡的观点较为认可。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;欧洲鳗鲡和美洲鳗鲡分别生活在各自分布地区的淡水水域中，性成熟后都会降海洄游到大西洋中部的热带海域进行繁殖。据1986年Avise及其同事的研究发现，这两种亲缘关系相近、形态特征相似且产卵场所相同的鳗鲡之间存在着严格的生殖隔离&lt;sup id="fnref:2"&gt;&lt;a href="#fn:2" class="footnote-ref" role="doc-noteref"&gt;2&lt;/a&gt;&lt;/sup&gt;。这在鳗鲡分类问题的争议时期产生了巨大的轰动，地理隔离改变鳗鲡群体遗传结构影响种质分类受到了科学家们的关注。考虑到这一问题，我国研究者也做了关于不同水域日本鳗鲡群体遗传结构的研究，结果表明我国各水域日本鳗鲡群体出现分化，但遗传结构并未出现明显差别，不同地理群到达产卵地的时间不同可能是造成群体分化现象的原因，但并不会造成生殖隔离，这些群体仍属于同一物种&lt;sup id="fnref:3"&gt;&lt;a href="#fn:3" class="footnote-ref" role="doc-noteref"&gt;3&lt;/a&gt;&lt;/sup&gt;。解决鳗鲡的分类问题，对研究鳗鲡的繁殖具有重大的意义。&lt;/p&gt;
&lt;h2 id="12-日本鳗鲡的生活史"&gt;1.2 日本鳗鲡的生活史&lt;/h2&gt;
&lt;p&gt;日本鳗鲡是一种长距离降海洄游的鱼类，分布于日本至菲律宾间的西太平洋水域，产卵场位于菲律宾东部海域的马里亚纳群岛附近（约15°N，140°E）&lt;sup id="fnref:4"&gt;&lt;a href="#fn:4" class="footnote-ref" role="doc-noteref"&gt;4&lt;/a&gt;&lt;/sup&gt;。初生的仔鳗为透明的柳叶状幼体，称为柳叶鳗，以海雪为食。随洋流漂游到中国、日本大陆架沿岸后，变态为玻璃鳗，并在到达淡水生活水域前变态为线鳗，入河后变色为黄色鳗。发育到一定程度后，黄色鳗开始长距离的降海洄游，在这个过程中不断成熟，银化成为银色鳗。研究指出，鳗鲡在性成熟到下海繁殖的过程中不再摄食，因为产卵场距离遥远，生殖洄游需要消耗大量体力，由于人们没有发现过产完卵的亲鱼再返回到生长区的现象，所以认为鳗鲡在生殖后全部死亡，属于一次性繁殖鱼类&lt;sup id="fnref:5"&gt;&lt;a href="#fn:5" class="footnote-ref" role="doc-noteref"&gt;5&lt;/a&gt;&lt;/sup&gt;。然而，有实验室在进行的人工催产研究时，发现产卵后的亲鱼并不会死亡，而且还可以再次达到性成熟&lt;sup id="fnref:6"&gt;&lt;a href="#fn:6" class="footnote-ref" role="doc-noteref"&gt;6&lt;/a&gt;&lt;/sup&gt;，故认为日本鳗鲡一次繁殖的观点还有待探讨。&lt;/p&gt;
&lt;h2 id="13-日本鳗鲡的资源概况"&gt;1.3 日本鳗鲡的资源概况&lt;/h2&gt;
&lt;p&gt;日本鳗鲡由于味道鲜美、肉多刺少的特点，深受国内外广大食客的喜爱。市面上的鳗鱼料理很少是由直接捕获的成鳗烹饪而成，大多食材是通过捕捞鳗苗并且养殖到一定大小的非野生养殖鳗。此外，人工养殖的鳗苗也全是依靠捕捞获得，亲本的人工繁殖至今没有取得较大突破。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;据2018年初日本共同通信社的报道，濒危物种日本鳗鲡的鳗苗本季遭遇极度严重的鱼荒。日本国内外自2017年12月10日捕捞解禁开始，15天内的日本鳗鳗苗捕获量只有0.5公斤，约为去年43.4公斤捕获量的1%。如果鱼荒持续没有好转，本季鳗苗捕捞量很有可能创造历史新低，受到了鳗鲡产业关注。到2018年4月底，《日本养殖新闻》报道，除大阪渔期尚存以外，2018年度东亚地区鳗苗捕捞季正式结束。回顾本季鳗苗捕捞情况，台湾地区11月中旬率先开捕，然而苗影寥寥，开局不利。次年1月，中国大陆和日本也相继展开捕苗行动，苗情同样不乐观。2月下旬的黑夜大潮在一定程度缓解了苗情颓势，但海洋3、4月份苗获仍然持续不佳。虽然日本鳗苗的捕捞量在四月中旬已经超过了近几年最低的水平，但整个东亚地区的累积捕捞量大歉收的事实无法改变，该年度的鳗苗捕捞季最终悄无声息的惨淡收场，这势必将导致鳗鲡苗价居高不下。（数据来自&lt;a href="http://www.shuichan.cc/"&gt;中国水产养殖网&lt;/a&gt;）&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;科学家根据三维粒子跟踪方法，对北太平洋西部日本鳗鲡捕鱼量下降进行了深层的研究，发现了海洋环流近十年的变化对日本鳗鲡迁徙成功与否存在了一定的潜在影响，可能是造成鳗苗捕捞量持续不稳定性的重要原因&lt;sup id="fnref:7"&gt;&lt;a href="#fn:7" class="footnote-ref" role="doc-noteref"&gt;7&lt;/a&gt;&lt;/sup&gt;。由于鳗苗捕捞量的波动性，苗价高一直是日本鳗鲡养殖成本的主要方面，而其他鳗种的鳗苗抗病能力、生长速度，饲料转化率和育成率都远不如日本鳗鲡，不易养殖，苗价相对较低。本次大歉收敲响了早日攻克日本鳗鲡人工繁殖难题的警钟，也可能会在一定程度上刺激其他鳗种的养殖技术发展。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;中国水产养殖进入产业化以来，人工养殖的鳗鲡品种以本土分布的日本鳗鲡和海外进口的欧洲鳗鲡为主&lt;sup id="fnref1:1"&gt;&lt;a href="#fn:1" class="footnote-ref" role="doc-noteref"&gt;1&lt;/a&gt;&lt;/sup&gt;。早在2014年，日本鳗鲡就被正式列入世界自然保护联盟（IUCN）的红色目录中，但对捕捞和食用日本鳗鲡还未有法律的明令禁止。2018年鳗苗大歉收，导致越来越多的业内人士呼吁将日本鳗鲡同欧洲鳗鲡一样，列入《华盛顿公约》（CITES）的附录二中加以保护。自2009年欧洲鳗鲡得到CITES的保护以来，中国的鳗鲡产业遭到了巨大的冲击。以前，中国鳗鲡产业依赖于进口欧洲鳗鲡幼苗，养殖到一定大小后出口日本或供国内消费。欧洲鳗鲡国际交易受到限制后，在我国也视为国家二级保护动物对待，于是中国地区分布最广的日本鳗鲡自然成为现在主要的养殖品种。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;日本作为鳗鲡主要的消费大国，也是东亚地区鳗鲡产业重要的领导国之一，先后召开了日本鳗产地连总会，中日、台日鳗鱼贸易会，共同讨论2019年5月的华盛顿公约缔约国会议到来前的对策。我国也成立了中国鳗鲡现代产业论坛，并于2017年10月在厦门举办了鳗鲡产业科技创新联盟成立大会，邀请二十多位专家教授做了精彩的报告，为日本鳗鲡资源的保护和人工繁殖的研究提出了新方向。&lt;/p&gt;
&lt;h1 id="2---我国鳗鲡人工繁殖的研究进展"&gt;2. 我国鳗鲡人工繁殖的研究进展&lt;/h1&gt;
&lt;p&gt;我国和日本从20世纪70年代开始鳗鲡人工繁殖的研究，并且在一些方面上取得了突破。2010年，日本水产综合研究中心（JFAR）宣告日本鳗鲡全人工繁殖成功&lt;sup id="fnref:8"&gt;&lt;a href="#fn:8" class="footnote-ref" role="doc-noteref"&gt;8&lt;/a&gt;&lt;/sup&gt;，对我国加快相关研究的进展产生了强烈的刺激。&lt;/p&gt;
&lt;h2 id="21-雌雄鉴别"&gt;2.1 雌雄鉴别&lt;/h2&gt;
&lt;p&gt;雌雄鉴别是鱼类生物学研究的重要内容，也是鱼类人工繁殖和增殖的关键技术之一。日本鳗鲡和大多数硬骨鱼类一样，非繁殖时期的雄鱼和雌鱼在外形上并没有直观可辨的差别，但精巢和卵巢的发育会造成第二性征的出现，两性异形现象在一些种类性成熟后仍然普遍存在。早在20世纪七八十年代，林鼎等就鳗鲡的雌雄鉴别提出了吻形差异的观点&lt;sup id="fnref:9"&gt;&lt;a href="#fn:9" class="footnote-ref" role="doc-noteref"&gt;9&lt;/a&gt;&lt;/sup&gt;，而松井魁发现在日本鳗鲡吻角的差异与性别有关，但吻形上没有差别&lt;sup id="fnref:10"&gt;&lt;a href="#fn:10" class="footnote-ref" role="doc-noteref"&gt;10&lt;/a&gt;&lt;/sup&gt;。在前面科学家的研究基础上，郭弘艺等，对长江口153尾银色鳗作了详细的形态学分析，建立了雌雄个体的判别模型，在性腺发育早期就能够找到一些鉴别雌雄个体的外形特征。统计分析结果表明长江口银色鳗的雌性个体比雄性更为丰满，体型较高，但眼较小，建立的判别方程正确率可达89%&lt;sup id="fnref:11"&gt;&lt;a href="#fn:11" class="footnote-ref" role="doc-noteref"&gt;11&lt;/a&gt;&lt;/sup&gt;，不过这种方法在实际操作和应用中存在着测量记录和计算判别过程较为繁琐的问题。&lt;/p&gt;
&lt;h2 id="22-性腺组织形态学观察"&gt;2.2 性腺组织形态学观察&lt;/h2&gt;
&lt;p&gt;亲鱼的性腺组织发育是人工繁殖的物质基础，了解鱼类性腺发育到什么程度才能排精和产卵对人工繁殖至关重要，为进一步开展育苗技术的研究提供了参考依据。张洁明等总结了国内外水产科学前辈的经验教训，对人工催熟的日本鳗鲡性腺进行了系统的观察和研究&lt;sup id="fnref:12"&gt;&lt;a href="#fn:12" class="footnote-ref" role="doc-noteref"&gt;12&lt;/a&gt;&lt;/sup&gt;，结果与其他学者基本一致。他们将日本鳗鲡精巢发育可分为精原细胞前增殖期（Ⅰ）、精原细胞后增殖期（Ⅱ）、精母细胞生长期（Ⅲ）、精子出现期（Ⅳ）和精子成熟期（Ⅴ）5 个时相。因在下海鳗群体中未观察到第Ⅰ时相的卵巢，人工催熟日本鳗鲡的卵巢发育只有卵母细胞单层滤泡期（Ⅱ）、脂肪泡出现期（Ⅲ）、卵黄充满期（Ⅳ）和卵母细胞最后成熟期（Ⅴ）。按照作者的描述，日本鳗鲡性腺组织各时期性状特征与其他鱼类存在大量相似之处，有利于参照其他鱼类人工繁殖成功的案例开展相关研究。&lt;/p&gt;
&lt;h2 id="23-生殖生理研究"&gt;2.3 生殖生理研究&lt;/h2&gt;
&lt;p&gt;鳗鲡性成熟过程中，最受学者关注的是其生殖内分泌系统的下丘脑-脑垂体-性腺轴（Hypothalamus-Pituitary-Gonad，HPG）。HPG又称生殖内分泌轴，各部分激素水平、细胞形态、生化成分等的变化，以及外源激素如何对其造成影响是学者们研究的热点&lt;sup id="fnref1:8"&gt;&lt;a href="#fn:8" class="footnote-ref" role="doc-noteref"&gt;8&lt;/a&gt;&lt;/sup&gt;。蒋天宝等使用鲤鱼垂体和HCG对雌性日本鳗鲡进行诱导催熟，对6项血清生化指标（血清总蛋白、血清甘油三脂、血清胆固醇、血糖、血钙和血清无机磷）进行了测定分析，结果表明血清中的钙和磷与鳗鲡的GSI具有显著的相关性，或成为判断发育程度的新指标和新方法&lt;sup id="fnref:13"&gt;&lt;a href="#fn:13" class="footnote-ref" role="doc-noteref"&gt;13&lt;/a&gt;&lt;/sup&gt;。然而，人工养殖成熟和自然生长下海的日本鳗鲡的血清生化成分上可能会有所差别，至今没有相关的进一步研究发表。&lt;/p&gt;
&lt;h2 id="24-催熟催产"&gt;2.4 催熟催产&lt;/h2&gt;
&lt;p&gt;外源激素是诱导日本鳗鲡性成熟的常用和必要方法，鳗鲡下海后性腺才会逐渐成熟，在人工培育条件下，如果没有使用外源激素进行诱导，其性腺无法继续发育，并到达能够排精、产卵的程度。国内常用的鱼类催情剂有：鱼类脑垂体匀浆液（常用鲑鱼和鲤鱼脑垂体）、GnRH类似物（如LHRH-A等）、人工合成或提纯的促性腺激素制品（如人绒毛膜促性腺激素HCG等）、类固醇激素（如睾丸激素）等&lt;sup id="fnref2:8"&gt;&lt;a href="#fn:8" class="footnote-ref" role="doc-noteref"&gt;8&lt;/a&gt;&lt;/sup&gt;。柳凌等对不同激素的作用效果进行了研究，结果显示HCG效果最佳，故成为了鳗鲡人工催熟中的首选&lt;sup id="fnref:14"&gt;&lt;a href="#fn:14" class="footnote-ref" role="doc-noteref"&gt;14&lt;/a&gt;&lt;/sup&gt;。催熟催产的过程除了受环境因子影响外，注射时间、剂量和次数、针距等，与催情剂的效果、产卵和卵子质量都有关系。为探究出最合适的注射方法，邓岳松，林浩然等进行了大量的研究&lt;sup id="fnref:15"&gt;&lt;a href="#fn:15" class="footnote-ref" role="doc-noteref"&gt;15&lt;/a&gt;&lt;/sup&gt;，其结果成为后辈学者实验重要的参考依据。&lt;/p&gt;
&lt;h2 id="25-繁育生态因子的研究"&gt;2.5 繁育生态因子的研究&lt;/h2&gt;
&lt;p&gt;东亚地区日本鳗鲡洄游到达马里亚纳群岛的产卵场需要经过2000海里以上，因为距离遥远，从产卵场的生态入手开展研究的难度较大，关于日本鳗鲡对野外环境要求的了解仍然不够，产卵场的海水条件是否影响亲鱼繁殖和幼体生存的问题也是科学家们的研究内容。我国学者在实验室条件下，对底质颜色、光照强度、温度等进行了控制，探究了日本鳗鲡幼体对这些环境因子的选择&lt;sup id="fnref:16"&gt;&lt;a href="#fn:16" class="footnote-ref" role="doc-noteref"&gt;16&lt;/a&gt;&lt;/sup&gt;。除此之外，盐度也可能是关键的影响因子，探究盐度影响人工养殖日本鳗鲡性腺发育的机制，以及渗透压调节机制对高渗环境的响应&lt;sup id="fnref:17"&gt;&lt;a href="#fn:17" class="footnote-ref" role="doc-noteref"&gt;17&lt;/a&gt;&lt;/sup&gt;&lt;sup id="fnref:18"&gt;&lt;a href="#fn:18" class="footnote-ref" role="doc-noteref"&gt;18&lt;/a&gt;&lt;/sup&gt;，为使用海水进行日本鳗鲡培育提供重要的理论依据。&lt;/p&gt;
&lt;h1 id="3---功能基因组学"&gt;3. 功能基因组学&lt;/h1&gt;
&lt;h2 id="31-鱼类功能基因组学"&gt;3.1 鱼类功能基因组学&lt;/h2&gt;
&lt;p&gt;随着测序技术的发展和成熟，测序的成本越来越低，各种生物的基因组测序工作也越来越普遍。鱼类是脊椎动物中最繁盛的群体，在生态保护中起着重要作用，是自然界生物多样性的一个重要组成部分。同时，鱼类也是效率最高的优质动物蛋白来源，具有极大的经济价值和医学价值。借助鱼类基因组学，开展鱼类起源、进化、生殖、发育、性别分化和免疫等问题的研究，有助于分子育种技术发展，培育抗病、高产、优质良种，使科研能够更好地应对疾病防控、海洋食品安全和生物多样性保护等带来的诸多问题。&lt;/p&gt;</description></item><item><title>隐士们的殊途同归</title><link>https://touchingfish.top/2018/road-to-heaven/</link><pubDate>Sun, 24 Jun 2018 00:00:00 +0000</pubDate><guid>https://touchingfish.top/2018/road-to-heaven/</guid><description>&lt;h2 id="读空谷幽兰"&gt;读《空谷幽兰》&lt;/h2&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;“佛教徒和道教徒走的是同一条路。他们只是做着不同的梦而已。”&lt;/p&gt;
&lt;/blockquote&gt;
&lt;p&gt;这句话是我读《空谷幽兰》时记下的第一句话，也是最击中我的一句话。比尔·波特这个美国老头，花了几十年在中国的大山里寻访隐士，最后得出这么个结论——不是佛教赢了，也不是道教赢了，而是那条路本身就存在，走的人多了，也就有了两条路。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;终南山。月亮山。朱雀山。销魂桥。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;这些名字本身就像一个个梦。比尔·波特沿着这些地名去找隐士，找到了，也找不到。找到了，是因为确实还有人在山里修道；找不到，是因为“当你遇到他们的时候，你认不出他们；除非他们愿意让你找到，否则你就找不到”。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;这话听起来像玄学。但你仔细想想，生活中很多事情不也是这样吗？那些真正重要的人和事，从来不是你能“找到”的，都是“遇到”的——或者说，都是人家愿意让你遇到，你才遇得到。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;书里提到的那些隐士，各有各的路子。有的是道士，在华山的悬崖边打坐，呼吸的是千年不变的松风；有的是和尚，在终南山的茅草屋里念经，窗外是比唐朝更古老的月亮。他们吃的不一样，拜的不一样，说话的方式不一样——但有一点是一样的：他们都在试着回答同一个问题。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;活着是为了什么。死了之后去哪里。以及，最要命的：现在此时此刻，我该怎样才算没白活。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;你说这是宗教问题，我觉得不完全是。宗教只是他们用来回答这个问题的语言体系。有的人用道家的语言，说“道法自然”，说“天人合一”；有的人用佛家的语言，说“空无自性”，说“与佛一体”。语言不同，但问的是同一件事。&lt;/p&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;“天下有道，则与物皆昌；天下无道，则修德就闲。”&lt;/p&gt;
&lt;/blockquote&gt;
&lt;p&gt;这句话是书中引用的庄子。意思很简单：天下太平，就好好做事；天下乱了，就躲起来修炼。听起来像是给自己找借口，但仔细一品，这其实是中国人最务实的生存智慧——不是什么时候都往前冲，有时候退一步，真的能海阔天空。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;我一直在想，我们这代人还需要隐士吗？&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;我们住在水泥格子里，出门是地铁，回到家是手机屏幕。终南山离我们很远，远到只能出现在旅游攻略里。我们不可能真的躲进山里，一躲就是几十年。但是——&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;我们难道不也在找属于自己的“终南山”吗？&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;有人把健身房当成道场，流汗就是修炼。有人把厨房当成禅房，做饭就是打坐。有人深夜写日记，跟自己对话那半小时，就是入定。形式变了，但内核没变：我们都需要一个地方，去安放那些在地铁里、在会议室里、在家庭聚会上无法安放的东西。&lt;/p&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;一千五百年前，菩提达摩为了防止坐禅时睡着，把眼皮割掉了。他的眼皮落地的地方，长出了第一批茶树。&lt;/p&gt;
&lt;/blockquote&gt;
&lt;p&gt;真假我不知道。但这个故事本身太美了——为了不犯困，把眼皮割掉，然后眼皮变成了茶树。这个故事要是拍成电影，一定比现在那些修仙剧有意思一千倍。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;更重要的是，这个故事告诉我们：修行这件事，是会“长”出东西来的。你付出的代价，你流的血汗，最后都会以某种形式回馈这个世界。达摩的眼皮变成了茶树，你的努力变成了你的气质、你的技艺、你看待世界的方式。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;这就是“殊途同归”的第二层意思：不管你走哪条路，只要你真的在走，真的在付出，那些积累都不会白费。它们会以你意想不到的方式，回到你身边。&lt;/p&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;“在云中，在松下，在尘廛外，靠着月光、芋头和大麻过活。除了山之外，他们所需不多：一些泥土，几把茅草，一块瓜田，数株茶树，一篱菊花，风雨晦暝之时的片刻小憩。”&lt;/p&gt;
&lt;/blockquote&gt;
&lt;p&gt;这段描写太诱人了。诱人到让我忍不住想，如果我也能过上这样的生活，该多好。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;但我也知道，我过不上。不是因为没有山，而是因为我没有那种“除了山之外，所求不多”的心境。我还贪心，还焦虑，还放不下手机。我还做不到“修德就闲”。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;所以我读这本书，与其说是在了解隐士，不如说是在照镜子。照照自己那颗躁动的心，问问它到底想要什么。行这件事，不是一成不变的。每个时代的人，都需要用自己的方式去回答那些古老的问题。方式不同，但目的是一样的。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;所以回到那句话：&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;&lt;strong&gt;佛教徒和道教徒走的是同一条路。他们只是做着不同的梦而已。&lt;/strong&gt;&lt;/p&gt;
&lt;h2 id="记于二一八年五月"&gt;——记于二〇一八年五月&lt;/h2&gt;
&lt;hr&gt;
&lt;h3 id="附录读书笔记摘录"&gt;附录：读书笔记（摘录）&lt;/h3&gt;
&lt;h2 id="第一章-隐士的天堂"&gt;第一章 隐士的天堂&lt;/h2&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;中国隐士传统与众不同之处在于，隐士在他们所遗弃的那个社会中，享有崇高的地位。&lt;/p&gt;
&lt;/blockquote&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;没有茶，就没有禅&lt;/p&gt;
&lt;/blockquote&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;中国当然还有隐士。”我的心脏停止了跳动。然后他又说：“但是当你遇到他们的时候，你认不出他们；除非他们愿意让你找到，否则你就找不到。&lt;/p&gt;
&lt;/blockquote&gt;
&lt;h2 id="第二章-月亮山"&gt;第二章 月亮山&lt;/h2&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;但是在“秦岭”这个词开始使用之前的一千年，中国人把这整列山脉称为“终南山”&lt;/p&gt;
&lt;/blockquote&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;中国最早的宗教通过“不死”的概念——这个概念是通过月亮的盈亏体现出来的——在生死之间的暗河上架起了一座桥，而昆仑－终南这列山脉，则是这个宗教的神秘中心。而且因为月亮女神住在昆仑－终南这列山脉中，于是这里就成为某些人前来试图接近月亮的神德和它的力量根源的地方。&lt;/p&gt;
&lt;/blockquote&gt;
&lt;h2 id="第四章-访道"&gt;第四章 访道&lt;/h2&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;因为我的儿子红云与斗姥的丈夫北斗神君的生日是同一天，所以我上了一大把香。尽管如此，它的香气还是远远不及殿外桃花的芳香。&lt;/p&gt;
&lt;/blockquote&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;在那里，她可以有更多的地方种菜，以及拥有更多的孤独。&lt;/p&gt;
&lt;/blockquote&gt;
&lt;h2 id="第五章-鹤之声"&gt;第五章 鹤之声&lt;/h2&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;如道教徒所宣称的，道教的历史形态可能起源于终南山西端的楼观台。&lt;/p&gt;
&lt;/blockquote&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;不知道谢道长是不是过去的五千年中来到华山的那一长串道士名单上的最后一位。这串名单中有茅，他是两千多年前来到华山的。他修炼到长生不死之后，大白天骑在龙背上，消失在云间。他的后人迁移到了东部的沿海省份江苏省，在那里的茅山上，他们建起了中国最著名的道教中心之一。花和风是老朋友了。如果华山的种子能够到达中国东部，那么它们也有可能飘过大洋。&lt;/p&gt;
&lt;/blockquote&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;这条河里的沙子看起来是如此洁白，用它似乎能够把幻世的红尘洗涤尽净似的。&lt;/p&gt;
&lt;/blockquote&gt;
&lt;h2 id="第六章-登天之道"&gt;第六章 登天之道&lt;/h2&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;两千年前，当佛教刚刚传到中国的时候，它已经是半中国化的了&lt;/p&gt;
&lt;/blockquote&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;是商业贸易把佛法带到了中国。&lt;/p&gt;
&lt;/blockquote&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;玫瑰最早是两千年前在长安培育出来的，它的原型是原产于终南山的一个野生品种。像几千年前的大麻一样，它最终沿着丝绸之路，传到了印度和地中海沿岸等地。&lt;/p&gt;
&lt;/blockquote&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;在一个地方，我们看见一个老太太正坐在高速公路中间，悠闲地缝一条裤子。&lt;/p&gt;
&lt;/blockquote&gt;
&lt;h2 id="第七章-云中君"&gt;第七章 云中君&lt;/h2&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;长安位于丝绸之路的东端，也是中国第一个国际性的城市。&lt;/p&gt;
&lt;/blockquote&gt;
&lt;h2 id="第八章-朱雀山"&gt;第八章 朱雀山&lt;/h2&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;宇宙中的每一件事物，不管是本体还是现象，都是互相联系的，因此是空无自性的。因为空无自性，所以每一件事物都与法是一体的，每个人都与佛是一体的&lt;/p&gt;
&lt;/blockquote&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;香港的佛教徒从南方的沿海城市汕头雇了八个石匠，来干这个工程的。这个工程花了他们两年的时间。&lt;/p&gt;
&lt;/blockquote&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;虚云革新了中国禅宗，与此同时，印光革新了净土宗。&lt;/p&gt;
&lt;/blockquote&gt;
&lt;h2 id="第九章-走过销魂桥"&gt;第九章 走过销魂桥&lt;/h2&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;这条路当时被称做洛阳路。它从终南山脚下绕过，也是很多想当隐士的人决定永远离开长安时所走的路。&lt;/p&gt;
&lt;/blockquote&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;在古代，任何有时间的人，都可以来灞桥为他们东行的朋友或同僚送行。很多个世纪以来，它也以“销魂桥”而闻名——它是中国古代最著名的送别地点，也是一百万首涉及柳树的诗的背景地。&lt;/p&gt;
&lt;/blockquote&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;东陵是秦国对灞河以东那些小山的称呼。公元前350年，当秦国国君迁都咸阳的时候，他们选择了东陵这一带作为王室墓地。&lt;/p&gt;
&lt;/blockquote&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;当地人叫它“鬼沟”。&lt;/p&gt;
&lt;/blockquote&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;两千五百年前，释迦牟尼佛荼毗以后，印度八个王国的国王为了争夺他的舍利，走到了战争的边缘。为了避免流血冲突，他们最终达成了一致：均分舍利。他们把自己分得的舍利安放在各自国家的舍利塔中。很多个世纪以来，塔中的舍利被进一步地分了又分。公元7世纪，当玄奘大师从印度回长安的时候，在他所带回的物品中，有五百粒释迦牟尼佛的舍利。&lt;/p&gt;
&lt;/blockquote&gt;
&lt;h2 id="第十章-暮星之家"&gt;第十章 暮星之家&lt;/h2&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;在早期的中国哲学中，白色是西方之色，也是暮星——太白金星之色。&lt;/p&gt;
&lt;/blockquote&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;见径之险者，若羊肠、鸟脊，进退一线，极人境之幻矣。&lt;/p&gt;</description></item><item><title>动态规划的智慧（Needleman-Wunsch）</title><link>https://touchingfish.top/2018/needleman-wunsch/</link><pubDate>Sat, 12 May 2018 00:00:00 +0000</pubDate><guid>https://touchingfish.top/2018/needleman-wunsch/</guid><description>&lt;p&gt;当我们谈论序列比对（sequence alignment）时，实际上是在解决一个经典问题：如何将两段序列尽可能“对齐”，以揭示它们之间的相似性？这其中既有科学家的生物学直觉，也离不开精妙的算法设计。今天，让我们聚焦于比对算法的基础，并用一个直观的例子，深入了解Needleman-Wunsch算法这颗动态规划中的明珠，将矩阵的分值转化为真正的比对结果.&lt;/p&gt;
&lt;h2 id="从字符到序列的最佳对齐"&gt;从字符到序列的最佳对齐&lt;/h2&gt;
&lt;p&gt;在进行序列比对时，我们通常需要回答以下三个问题：&lt;/p&gt;
&lt;ol&gt;
&lt;li&gt;序列间的相似性如何量化？（使用打分矩阵定义匹配、错配和缺口的得分）&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;什么是最佳比对？（得分最高的对齐方式）&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;如何有效找到最佳比对？（算法）&lt;/li&gt;
&lt;/ol&gt;
&lt;p&gt;比对算法就是解决第3个问题的核心工具。对短序列，可以尝试列举所有可能的对齐方式，但随着序列变长，这种暴力方法的计算量会呈指数增长，显然无法处理实际问题。Needleman-Wunsch算法的提出，完美解决了这一难题。&lt;/p&gt;
&lt;h2 id="将大问题拆解为小问题"&gt;将大问题拆解为小问题&lt;/h2&gt;
&lt;p&gt;动态规划的核心思想是“化整为零”：将一个复杂问题分解为许多小问题，通过解决这些小问题，逐步得出大问题的答案。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;在Needleman-Wunsch算法中，序列比对的问题被表示为一个比对表（矩阵）。我们通过“填表”的方式，逐步找出最佳比对。&lt;/p&gt;
&lt;h3 id="needleman-wunsch算法的步骤一步步填出比对表"&gt;Needleman-Wunsch算法的步骤：一步步填出比对表&lt;/h3&gt;
&lt;p&gt;&lt;strong&gt;Step 1: 初始化比对表&lt;/strong&gt;&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;假设我们有两段DNA序列： Sequence1：&lt;code&gt;GATTUACA&lt;/code&gt; 和 Sequence2：&lt;code&gt;GCATTACG&lt;/code&gt;。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;我们建立一个比对表，行对应 Sequence1（纵向排列），列对应 Sequence2（横向排列）。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;为了允许“缺口”（gap），第一行和第一列按缺口得分初始化。例如，假设缺口惩罚为-2，初始化如下：&lt;/p&gt;
&lt;table&gt;
 &lt;thead&gt;
 &lt;tr&gt;
 &lt;th&gt;&lt;/th&gt;
 &lt;th&gt;-&lt;/th&gt;
 &lt;th&gt;G&lt;/th&gt;
 &lt;th&gt;C&lt;/th&gt;
 &lt;th&gt;A&lt;/th&gt;
 &lt;th&gt;T&lt;/th&gt;
 &lt;th&gt;T&lt;/th&gt;
 &lt;th&gt;A&lt;/th&gt;
 &lt;th&gt;C&lt;/th&gt;
 &lt;th&gt;G&lt;/th&gt;
 &lt;/tr&gt;
 &lt;/thead&gt;
 &lt;tbody&gt;
 &lt;tr&gt;
 &lt;td&gt;&lt;strong&gt;-&lt;/strong&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;0&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;-2&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;-4&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;-6&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;-8&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;-10&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;-12&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;-14&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;-16&lt;/td&gt;
 &lt;/tr&gt;
 &lt;tr&gt;
 &lt;td&gt;&lt;strong&gt;G&lt;/strong&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;-2&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;/tr&gt;
 &lt;tr&gt;
 &lt;td&gt;&lt;strong&gt;A&lt;/strong&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;-4&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;/tr&gt;
 &lt;tr&gt;
 &lt;td&gt;&lt;strong&gt;T&lt;/strong&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;-6&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;/tr&gt;
 &lt;tr&gt;
 &lt;td&gt;&lt;strong&gt;T&lt;/strong&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;-8&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;/tr&gt;
 &lt;tr&gt;
 &lt;td&gt;&lt;strong&gt;U&lt;/strong&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;-10&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;/tr&gt;
 &lt;tr&gt;
 &lt;td&gt;&lt;strong&gt;A&lt;/strong&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;-12&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;/tr&gt;
 &lt;tr&gt;
 &lt;td&gt;&lt;strong&gt;C&lt;/strong&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;-14&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;/tr&gt;
 &lt;tr&gt;
 &lt;td&gt;&lt;strong&gt;A&lt;/strong&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;-16&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;/tr&gt;
 &lt;/tbody&gt;
&lt;/table&gt;
&lt;p&gt;&lt;strong&gt;Step 2: 填充比对表&lt;/strong&gt;&lt;/p&gt;</description></item><item><title>生物学相似性的追寻</title><link>https://touchingfish.top/2018/sequence-similarity/</link><pubDate>Tue, 24 Apr 2018 00:00:00 +0000</pubDate><guid>https://touchingfish.top/2018/sequence-similarity/</guid><description>&lt;p&gt;在我们身体里，存在着肉眼看不见的&amp;quot;生命代码&amp;quot;——DNA、RNA和蛋白质序列。它们由四种碱基或二十种氨基酸排列而成，看似是简单的字符串，却记录着生命的全部奥秘。&lt;/p&gt;
&lt;h2 id="生命代码的两大主角"&gt;生命代码的两大主角&lt;/h2&gt;
&lt;p&gt;要比对生命序列，首先得搞清楚它们长什么样。DNA序列由A（腺嘌呤）、T（胸腺嘧啶）、C（胞嘧啶）、G（鸟嘌呤）四种碱基组成。RNA将T换成了U（尿嘧啶）。蛋白质序列更为复杂，由20种氨基酸用单字母表示，比如A是丙氨酸，L是亮氨酸。这些字符的排列顺序决定了基因的功能——就像词序决定了句子的意义。&lt;/p&gt;
&lt;h2 id="序列比对的基本概念"&gt;序列比对的基本概念&lt;/h2&gt;
&lt;p&gt;拿到一段陌生的DNA序列，想知道它的作用？最直接的方法是序列比对（sequence alignment）——把它与已知序列对齐，看看两段序列&amp;quot;像不像&amp;quot;。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;相似性背后可能藏着共同的祖先、相似的功能，或进化的痕迹。如果能在已知序列中找到&amp;quot;亲戚&amp;quot;，往往就能推断出它的功能。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;两段序列相似，究竟有多相似？科学家用一套打分体系来量化：&lt;/p&gt;
&lt;ol&gt;
&lt;li&gt;&lt;strong&gt;匹配得分&lt;/strong&gt;：两个位置的字符相同，得分。&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;&lt;strong&gt;错配惩罚&lt;/strong&gt;：字符不同，扣分。&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;&lt;strong&gt;缺口惩罚&lt;/strong&gt;：需要插入&amp;quot;空白&amp;quot;（gap）对齐时，扣更多分。&lt;/li&gt;
&lt;/ol&gt;
&lt;p&gt;相似度（similarity）指的是两个序列在对应位置上，匹配字符的数目占总长度的百分比。例如两条序列经过比对后：&lt;/p&gt;
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;Sequence1: &lt;code&gt;C V H K A T&lt;/code&gt;&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;Sequence2: &lt;code&gt;C I H K - T&lt;/code&gt;&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;
&lt;p&gt;有4处一致，1处相似，1处缺口。&lt;/p&gt;
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;identity = (4/6)*100% = 67%&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;similarity = (4+1/6)*100% = 83%&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;
&lt;p&gt;这套评分系统，让科学家能够快速评估比对结果的优劣。&lt;/p&gt;
&lt;h2 id="打分矩阵的必要性"&gt;打分矩阵的必要性&lt;/h2&gt;
&lt;p&gt;如果说序列比对是解读生命密码的艺术，打分矩阵（scoring matrix）就是它的调色盘。比对比的不仅是字符是否&amp;quot;对得上&amp;quot;，还需要考虑生物学意义——哪些替换是自然界常见的？哪些匹配最能反映进化关系？&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;序列比对中的&amp;quot;相似性&amp;quot;并非一概而论。以蛋白质为例，氨基酸的化学性质、功能、结构对其进化替换的频率有重要影响。比如，亮氨酸（L）替换为异亮氨酸（I）相对常见，因为都是疏水性氨基酸。而亮氨酸被替换为带正电的赖氨酸（K）就很少发生，可能破坏蛋白质功能。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;打分矩阵的任务，正是为这些替换赋予合适的分值，使比对结果既符合生物学事实，又有助于后续分析。&lt;/p&gt;
&lt;h2 id="常用的打分矩阵"&gt;常用的打分矩阵&lt;/h2&gt;
&lt;h3 id="pam矩阵"&gt;PAM矩阵&lt;/h3&gt;
&lt;p&gt;PAM（Point Accepted Mutation）矩阵是最早的蛋白质打分矩阵之一。它以&amp;quot;单位进化时间&amp;quot;为基础——1 PAM相当于每100个氨基酸中约有1个发生了可接受的突变。PAM1自乘n次可以得到PAM-n，表示发生了更多次突变。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;PAM矩阵的核心思想是：通过研究近亲物种的蛋白质序列，推测不同氨基酸在进化中的替换频率。&lt;/p&gt;
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;PAM1：适用于非常相似的序列。&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;PAM250：适用于亲缘关系较远的序列。&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;
&lt;p&gt;PAM矩阵像一台时间机器，帮我们回溯序列在进化中的替换轨迹。随着PAM数值增加，比对倾向于寻找远亲关系。&lt;/p&gt;
&lt;h3 id="blosum矩阵"&gt;BLOSUM矩阵&lt;/h3&gt;
&lt;p&gt;BLOSUM（BLOcks SUbstitution Matrix）矩阵更关注当前的序列相似性，尤其适用于远亲序列的比对。它通过分析保守序列区块（blocks）中的氨基酸替换频率得出得分。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;与PAM不同，BLOSUM不假设进化模型，而是基于实际观测数据生成。BLOSUM编号代表该矩阵由一致度≥该数值的序列计算而来。例如BLOSUM62是由一致度≥62%的序列计算得出。&lt;/p&gt;
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;BLOSUM62：最常用，适用于大多数情况。&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;BLOSUM80：更适合相似性较高的序列。&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;BLOSUM45：适合亲缘关系更远的序列。&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;
&lt;p&gt;简单说，BLOSUM后面数字越小，适合比较的序列相似度越低；数字越大，适合比较的序列相似度越高。&lt;/p&gt;
&lt;h3 id="选择矩阵的原则"&gt;选择矩阵的原则&lt;/h3&gt;
&lt;p&gt;如何选择合适的矩阵？关键在于序列的&amp;quot;亲疏&amp;quot;。&lt;/p&gt;
&lt;ul&gt;
&lt;li&gt;相似序列（近亲）：选择细致的矩阵，如PAM1或BLOSUM80，强调微小差异。&lt;/li&gt;
&lt;li&gt;差异较大序列（远亲）：选择更粗略的矩阵，如PAM250或BLOSUM45，允许更多替换。&lt;/li&gt;
&lt;/ul&gt;
&lt;p&gt;这一选择直接影响比对结果的敏感性与特异性。近亲需要精确，远亲需要包容。&lt;/p&gt;
&lt;h2 id="如何解读打分矩阵"&gt;如何解读打分矩阵&lt;/h2&gt;
&lt;p&gt;下表为PAM-250矩阵，对角线上的数值为匹配氨基酸的得分。在其他位置上，≥0的得分代表对应的一对氨基酸为相似氨基酸，&amp;lt;0的是不相似的氨基酸。&lt;/p&gt;
&lt;table&gt;
 &lt;thead&gt;
 &lt;tr&gt;
 &lt;th&gt;&lt;/th&gt;
 &lt;th&gt;A&lt;/th&gt;
 &lt;th&gt;B&lt;/th&gt;
 &lt;th&gt;C&lt;/th&gt;
 &lt;th&gt;D&lt;/th&gt;
 &lt;th&gt;E&lt;/th&gt;
 &lt;th&gt;F&lt;/th&gt;
 &lt;th&gt;G&lt;/th&gt;
 &lt;th&gt;H&lt;/th&gt;
 &lt;th&gt;I&lt;/th&gt;
 &lt;th&gt;K&lt;/th&gt;
 &lt;th&gt;L&lt;/th&gt;
 &lt;th&gt;M&lt;/th&gt;
 &lt;th&gt;N&lt;/th&gt;
 &lt;th&gt;P&lt;/th&gt;
 &lt;th&gt;Q&lt;/th&gt;
 &lt;th&gt;R&lt;/th&gt;
 &lt;th&gt;S&lt;/th&gt;
 &lt;th&gt;T&lt;/th&gt;
 &lt;th&gt;U&lt;/th&gt;
 &lt;th&gt;V&lt;/th&gt;
 &lt;th&gt;W&lt;/th&gt;
 &lt;th&gt;X&lt;/th&gt;
 &lt;th&gt;Y&lt;/th&gt;
 &lt;th&gt;Z&lt;/th&gt;
 &lt;/tr&gt;
 &lt;/thead&gt;
 &lt;tbody&gt;
 &lt;tr&gt;
 &lt;td&gt;A&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;2&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
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 &lt;tr&gt;
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 &lt;tr&gt;
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 &lt;tr&gt;
 &lt;td&gt;K&lt;/td&gt;
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 &lt;tr&gt;
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 &lt;tr&gt;
 &lt;td&gt;M&lt;/td&gt;
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 &lt;tr&gt;
 &lt;td&gt;N&lt;/td&gt;
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 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;/tr&gt;
 &lt;tr&gt;
 &lt;td&gt;P&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;1&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;-1&lt;/td&gt;
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 &lt;td&gt;-1&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;-1&lt;/td&gt;
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 &lt;td&gt;0&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;0&lt;/td&gt;
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 &lt;td&gt;-1&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;-3&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;-2&lt;/td&gt;
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 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
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 &lt;td&gt;&lt;/td&gt;
 &lt;/tr&gt;
 &lt;tr&gt;
 &lt;td&gt;Q&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;0&lt;/td&gt;
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 &lt;td&gt;2&lt;/td&gt;
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 &lt;tr&gt;
 &lt;td&gt;R&lt;/td&gt;
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 &lt;tr&gt;
 &lt;td&gt;W&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;-6&lt;/td&gt;
 &lt;td&gt;-5&lt;/td&gt;
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 &lt;/tr&gt;
 &lt;/tbody&gt;
&lt;/table&gt;
&lt;p&gt;打分矩阵的表格看似复杂，但很直观：&lt;/p&gt;</description></item><item><title>出走（DETACH）</title><link>https://touchingfish.top/2018/six-thoughts-of-loneliness/</link><pubDate>Sun, 22 Apr 2018 00:00:00 +0000</pubDate><guid>https://touchingfish.top/2018/six-thoughts-of-loneliness/</guid><description>&lt;p&gt;——读《孤独六讲》（二〇一八年四月）&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;书名别致，与我此刻的心境不谋而合：孤独是主动选择出走，而非寂寞。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;似乎因为文体是讲稿，书中频繁引用事例，不乏重复之处。或许正因如此，我这个文学素养平平之人也能从中读出些许滋味。重复看这些不新鲜的故事，我的阅读习惯正是如此，能记住的便是谈资。而蒋先生那些对自身作品的评论，则更像是为凑字数而为，缺乏深度。即使回味，亦发现无味无营养。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;书中的文字虽然不多，但绝大多数句子摘抄出来都可以当签名用，满足了人们对个性化表达的追求。观点看似深刻，实则留白颇多，适合&amp;quot;望文生义&amp;quot;。又像是抛砖引玉，激发读者思考。这与卡耐基的鸡汤有异曲同工之妙，不提供现成的答案，却能启发人们做出选择。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;有人将此书比作鸡汤，但我并未从中汲取到所谓的能量。相反，书中那些直击心灵的片段让我感触颇深。情欲、语言、思维、伦理的孤独，让我不禁想到因为&amp;quot;母亲&amp;quot;的角色，一生被困在家庭中的女性，她们或许都应该有好好享受独处时光的机会。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;&lt;img src="lonliness.jpg" alt=""&gt;&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;一直以为，独处是每个人都需要的。独处的时间是和自己的对话，尤其是夜深人静时，任思绪自由驰骋。在这个喧嚣的时代，inner peace 弥足珍贵。真正的孤独远不止于表面，而是情欲的理性思考，语言的颠覆性运用，思维的自由探索，以及对伦理的重新审视。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;年少时，我常以&amp;quot;君子慎独&amp;quot;自勉。然而，儒学&amp;quot;糟粕&amp;quot;的束缚让我难以真正体会到书中所描述之孤独。现代社会，主动选择的疏远是保持内心清明的一种智慧。通过刻意与人保持距离，恰当地把握人际关系，又不失人性的关怀。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;孤独并非消极的孤立，孤独是一种艺术，需要我们用心去体会。它并不是对社交的逃避，而是对自我的一种探索，可以是创造力的源泉，是自我成长的契机。也许学会与孤独相处，才能更好地理解自己。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;孤独，并非退缩，而是进阶。&lt;/p&gt;</description></item><item><title>史学家的回忆录更有沧海一粟之觉悟</title><link>https://touchingfish.top/2018/orient-lee/</link><pubDate>Mon, 12 Mar 2018 00:00:00 +0000</pubDate><guid>https://touchingfish.top/2018/orient-lee/</guid><description>&lt;p&gt;——读《平凡的我》&lt;/p&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;寄蜉蝣于天地，渺沧海之一粟。&lt;/p&gt;
&lt;/blockquote&gt;
&lt;h2 id="二一八年-一月八日"&gt;二〇一八年 一月八日&lt;/h2&gt;
&lt;p&gt;在书架发现了别人翻看后没有放回书堆里的《平凡的我》，被腰封&amp;quot;民国通俗讲史第一人&amp;quot;所吸引，花时间翻了序言、弁言，遂借书来读。所记前十几节均是童年的事，作者对往事细节居然记得如此清楚让我感到吃惊。当时我正刚开始喜欢上读自传和回忆录，后来才发觉正是这些&amp;quot;记忆&amp;quot;才塑造每个立体的人。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;初读不算有趣，曾经也需要刻意去寻书中能引起我共鸣的片段才读得下去。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;真正第一次触动我的是《扑通一声》，&amp;ldquo;父亲&amp;quot;戒了鸦片，并为了&amp;quot;我&amp;quot;发奋赚钱，他的勇气、毅力和慈爱让我深受感动。他的转变不仅改变了家庭的命运，更让我看到了人性的光辉和生命的韧性。身边没有榜样一直是我个人的遗憾之一。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;晚清与民国时代，人们社会生活各方面的变化也无不在书中的细枝末节处体现。在《搬到旧城头巷去住》中，搬过来和&amp;quot;我&amp;quot;一起住的干姐姐及二表姐（丈夫汪声和）也或多或少地看出时代之不平凡。入党和孙中山对生活在那个时代的人都难以忘记吧。《大师礼赞》写的则是清华国学四大导师（梁启超、陈寅恪、王国维、赵元任）与&amp;quot;我&amp;quot;的渊源。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;平凡如此的有《三角恋的旁观者》。这是件青涩的趣事：&amp;ldquo;他爱她，她爱他&amp;rdquo;，我想大多数人的一生中，应该都经历到过雷同的情节吧。在我看来，本篇似乎也是作者有意展示自己魅力所记吧。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;最近连贯地读下来的是关于&amp;quot;我&amp;quot;留法的记录。留法的执念，作者认为是自己&amp;quot;最错的一次&amp;quot;决定。不顾家人反对，也花光了家人积蓄。求学心切，以致于蒙蔽了眼睛，没有体察家人的辛酸。不过能够全身心地学习，也让非常羡慕。有时候确实是顾虑得太多，并不坏，但也确实让做事情有所拘束。作者留法期间的经历亦感动了我，其治学态度，巴黎大学博士学位最荣誉记名（泰音和古朗希之后）是当之无愧的鼓励 见当时搜集材料之困难，作者尚能有此学术成就，想到现在那些占用着最便利的资源的伪科学家，靠&amp;quot;编材料、凑数据&amp;quot;享受到富裕和名誉，早已麻木，不再思考如何为人类所学所知做贡献。用朋友的话说，果真是&amp;quot;穷则独善其身，达则再善一次&amp;rdquo;。&lt;/p&gt;
&lt;h2 id="二一八年-三月十二日"&gt;二〇一八年 三月十二日&lt;/h2&gt;
&lt;p&gt;黎东方先生已无需多讲，书中别人对他的评价也引用不少，我只写&amp;quot;钦佩&amp;quot;二字。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;第二集渐入佳境，前面几节是在上学期末考试后看的，还没有引人入胜，甚至让我加快了阅读速度。假期来临前，确实容易有着急把书看完的感觉。读书不宜浮躁也是在寒假才深刻懂得的简单道理。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;在后面的篇幅中，不知道该说作者的文学造诣又提高了，还是我的阅读能力进步了一点？章节之间有更多历史知识的科普，故事也讲得&amp;quot;通俗而不俗气&amp;quot;。在第一集中没有被我认可的&amp;quot;民国通俗讲史第一人&amp;quot;在渐渐得到正名。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;印象深刻的有作者在新疆放飞自我，策马奔腾……很有画面感的描写，这种不知是在人前还是人后，孤独前行的心情，似乎让我十分共情。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;看到&amp;quot;我&amp;quot;总能在困窘之时靠史学演讲获得收入，觉得轻易得过分，一种羡慕嫉妒的情绪——难以想象当时的年代和社会，这种在剧院举行的收费演讲竟会有那么多人买单。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;在阅读第一集时对作者治学产生的钦佩之情有增无减。这一集更多是写学成归来以后，漂泊的教育和学术生涯。能深切地感受到他渴望用毕生所学报效祖国，为国家的文史教育事业贡献力量的伟大愿望。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;我希望，读书人都应该有这样的理想。学界的乌烟瘴气中，真正为学为国的人，且能够这么做的也只占少数吧。然而，如此渊博之人，在为人处世未免是有点太过&amp;quot;潇洒&amp;quot;。书中所见，从婚变和枚举不少的与友人的交谈中，作者的待人接物确实也才在慢慢进步。这样看来，当年在外留学，对家里&amp;quot;不闻不问&amp;quot;（并没有察觉真相，坚持完成学业）到底也不算成熟的表现？最精彩的还是书翻到快完的时候，丹妮尔事件的有趣也有情有义，值得反复回味的故事。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;史学家的回忆录更有沧海一粟之觉悟。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;在这段伴随着&amp;quot;我&amp;quot;一生的社会变迁史中，以亲历之平凡小事使读者觉察历史车轮中的时代之不平凡。那些与黎先生结交的人，虽然不是每一个的名讳都如雷贯耳，但也算在学界或政界小有名气，最熟悉莫过于陈立夫和林语堂。&lt;/p&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;每一段的开始，林先生都用闽南话说&amp;quot;我告诉你&amp;quot;。&lt;/p&gt;
&lt;/blockquote&gt;
&lt;p&gt;让我疯狂脑补林语堂先生开口闭口的&amp;quot;wā gǎn lī gòn&amp;quot;。&lt;/p&gt;</description></item><item><title>遇见李维（Alchemist of Memory）</title><link>https://touchingfish.top/2018/primo-levi/</link><pubDate>Sat, 27 Jan 2018 00:00:00 +0000</pubDate><guid>https://touchingfish.top/2018/primo-levi/</guid><description>&lt;h2 id="二一七年九月"&gt;二〇一七年九月&lt;/h2&gt;
&lt;p&gt;——读《周期表》&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;在看书之前，未曾了解李维（大陆地区好像译作：普里莫·莱维）此人。因为从程先生那借来的书大多是科普读物，我以为这本书会是以介绍化学元素为内容。大概每个第一次看到书名的人都会这样想吧。在学生的印象中，化学元素是冷硬的符号，是课本上枯燥的背诵内容。早在应对考试的生涯中，我们就把这页表刻在脑中，没想过如今它以书籍的面貌出现。出于对化学知识的怀旧，我从先生的柜子中拿出这本书，也开始了这段时间对二战历史奇怪的兴致。&lt;/p&gt;
&lt;h3 id="永恒元素与生命的交汇"&gt;永恒元素与生命的交汇&lt;/h3&gt;
&lt;p&gt;初次翻书，我被导读深深吸引。这几页文字足以在我的脑中刻画出了李维的形象。王浩威先生的语言好像为李维拍下了一张照片——&amp;ldquo;李维用人文的眼神凝视科学，颠覆了几百年在科学与人文的争执中，永远只有科学在打量着人文的处境。&amp;rdquo;&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;不知何故，我意外地跳过了第一章《氩》。后来读时，发现第一章提到了过多人物，却不是为了串联成一个完整的故事。这无疑增加了这部作品阅读上的难度。这些人物的小故事有意思但不精彩，像我这种精神怠惰的读者，如果从头看起，可能已经早早放弃了。&lt;/p&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;我所知道的祖先和这些气体有点像。我不是说他们身体怠惰，他们没有能耐如此。他们反而必须相当努力来赚钱养家，以前还有&amp;quot;不做没得吃&amp;quot;的道德信条。但他们的精神无疑属惰性，倾向玄想和巧辩。他们事迹虽然多，但都有静态的共同特点，一种不介入的态度，自动（或接受）被纳入生命长河的边缘支流。这些并非偶然。无论贵重、惰性或稀有，和意大利、欧洲其他犹太族比起，他们的经历贫乏得多。&lt;/p&gt;
&lt;/blockquote&gt;
&lt;p&gt;平凡家庭又何尝不是如这文中所书。对于&amp;quot;排斥世界&amp;quot;的静态人生，应该是笑之以&amp;quot;无病呻吟&amp;quot;吗？也许我们难以将心比心。然而，对经历过奥斯维辛的李维来说，倒也能从别具一格的遣词造句中看出态度。&lt;/p&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;锌虽然很容易和酸反应，但是很纯的锌遇到酸时，倒不大会起作用。人们可以从这里得到两个相反的哲学结论：赞美纯真，它防止罪恶；赞美杂物，它引导变化以及生命。&lt;/p&gt;
&lt;/blockquote&gt;
&lt;p&gt;受封面上一些文字的引导，我曾一度纠结于书中元素的象征意义，试图将每个元素都对应到李维人生中的某个特定事件或情感。李维在书中频繁地穿插家族故事、历史事件和虚构寓言，这使得叙事结构显得有些散漫。有时，我很难将这些看似不相关的片段联系起来。若这些元素是&amp;quot;人生象征&amp;quot;，我倒也可以选择相信每篇作品的寓意与元素的性质应是相关的。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;或许是我在化学元素的了解并不深刻，&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;或许是化学本身无法回答这些问题，&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;或许是这种一一对应的解读本就过于局限。&lt;/p&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;我穿上自己最好的西装，想着最好是把脚踏车留在一条街之外，让他们以为我坐计程车来的。&lt;/p&gt;
&lt;/blockquote&gt;
&lt;p&gt;化学元素在周期表中并非孤立存在，它们之间存在着复杂的联系和相互作用。这本书的巧妙之处正在于，并没有将元素简单地作为一种&amp;quot;充满诗意的人生象征&amp;quot;，而是借用元素的周期性，想要表达人生的循环往复、生命的脆弱与坚韧。一厢情愿地寻找解释并非必要。&lt;/p&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;化学教你要克服、忽略某些不必要或天生的禁忌。&lt;/p&gt;
&lt;/blockquote&gt;
&lt;p&gt;在书中，李维已道出了《周期表》成书的原因：&amp;ldquo;我正在收集「事件」，我的或别人的，写进书里，看能否让世人了解我们这行的痛苦滋味，也是生活滋味的反映。&amp;ldquo;见微知著，我想，书中所表达的，不仅是对科学的热爱，更是对生命的思考和对人性的关怀。于是在了解这些&amp;quot;滋味&amp;quot;的时候，看到了李维身上&amp;quot;奥斯维辛&amp;quot;的阴影。&lt;/p&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;它们让你有无力感，不长进的感觉，不是吗？觉得是在和一个迟钝、缓慢，但在数量和体积上都吓人的敌人做永无休止的战争，年复一年，一个接一个。只在敌人偶尔有空当时，你才能狠狠一击获得短暂胜利，得到一点安慰。&lt;/p&gt;
&lt;/blockquote&gt;
&lt;p&gt;李维用化学元素作为载体，将那段黑暗历史的伤痛转化为文学的永恒。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;这是一个化学家对物质世界的探索，也是一个幸存者对生命意义的深沉思考。&lt;/p&gt;
&lt;h2 id="二一八年一月"&gt;二〇一八年一月&lt;/h2&gt;
&lt;p&gt;——读《被淹没的和被拯救的》&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;在&amp;quot;德国史&amp;quot;的书架上，原想看看关于二战的记载，无意中看到李维的作品，想到与手里的《周期表》是同一作者，又深陷于对这段历史的好奇，于是把这本被称为&lt;strong&gt;李维生前最后一本重要作品&lt;/strong&gt;的书借回来。书到手时，《周期表》还没有读完。之后迫不及待地开始翻阅，在国庆期间和假后几天一口气看完。因为没完成读书笔记，所以迟迟未将书还给图书馆。直到次年一月，尝试回忆读书的历程，完成这篇补记。&lt;/p&gt;
&lt;h3 id="在记忆的迷宫中寻找真相"&gt;在记忆的迷宫中寻找真相&lt;/h3&gt;
&lt;p&gt;导读和序言已经勾勒出了一幅黑暗的画卷。整本书弥漫着浓重的阴影，让人感到压抑沉重。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;集中营的极端环境扭曲了人的感知，幸存者们对过去的回忆常常是支离破碎、模棱两可的。他们试图拼凑起那段噩梦般的经历，却发现记忆就像流沙，越是想抓住，越容易滑落。这种记忆的模糊性，不仅给幸存者带来了心理上的折磨，也为历史研究带来了巨大的挑战。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;李维对记忆的模糊和模式化的描述，让我深有共鸣。我时常会把自己的臆想当作记忆，记忆会因时间而模糊，会因不愿相信这样的现实，而被想象力朝着更能够被接受的方向&amp;quot;篡改&amp;rdquo;。这种记忆的模糊可以归因于多种因素：心理防御机制、时间的流逝，还有语言的局限性。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;李维以冷静客观的笔触，记录下了这段黑暗历史的残酷现实。他明白，完全还原历史的真相是不可能的。即使是最详尽的记录，也无法完全捕捉到那段历史的复杂性和多样性。因此，他选择了用文学的方式来表达自己的感受和思考。通过文学，他不仅记录了历史，更表达了对人性的深刻思考。&lt;/p&gt;
&lt;h3 id="人性的善恶模糊不清"&gt;人性的善恶模糊不清&lt;/h3&gt;
&lt;p&gt;在极端的环境下，善恶的界限变得模糊不清。&lt;/p&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;正义的人有责任通过战争去消灭所有不应存在的特权。但我们不能忘了，这样的战争是永无休止的。当权力被少数人（甚至一个人）所掌握去奴役大多数人时，特权就会出现，并滋生蔓延，甚至违背权力的本意。从另一方面来说，权力通常纵容和鼓励特权。&lt;/p&gt;
&lt;/blockquote&gt;
&lt;p&gt;幸存者之间产生隔阂，出现相互算计的现象。眼看着身边的罪行，任其蔓延而成为凶手的同谋。以冷漠的方式自保，这种&amp;quot;同谋&amp;quot;式的沉默，无疑是对人性的巨大讽刺。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;受害者为了生存，不得不做出一些违背良心的选择。自私让机会没有被分享，交流的障碍也因此产生。反过来又减轻了加害者的罪恶感，形成了一种扭曲的道德循环。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;加害者也并不是一群完全丧失人性的人。在特定的历史环境下，他们选择性地泯灭良知和情感，成为了暴行的执行者。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;李维的叙述细腻，论证严谨，语言精炼，但字里行间透露出深沉的悲哀。这本书中，他以更加冷静客观的视角，深入探讨了记忆的欺骗性、暴力的本质，极端环境的生存法则和心理变化。书至最后章节，对信件的回复击碎了李维此前建立起来的冷静形象。他用更加直接、强烈的方式，表达了作为一个幸存者的愤怒与悲痛。这些真实的情感，也让我心中的李维更加血肉丰满。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;&amp;ldquo;生活的目标是对死亡最好的防御，这不仅适用于集中营的生活。&amp;ldquo;历史的伤痕是无法轻易抹去的，而对人性的探索是一个永无止境的旅程。&lt;/p&gt;</description></item><item><title>咖啡与音乐</title><link>https://touchingfish.top/2018/coffee-and-music/</link><pubDate>Fri, 19 Jan 2018 00:00:00 +0000</pubDate><guid>https://touchingfish.top/2018/coffee-and-music/</guid><description>&lt;p&gt;最近在读，一本关于咖啡，一篇关于音乐。原本风马牛不相及的文字，读罢竟然有种奇妙的共振在胸腔里隐隐作响。&lt;/p&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;“对于咖啡，我们完全可以不管那是哪一个国家的出产，只要我们喜欢，享受就是了。但倘使我们熟知这些典故趣闻，且在品咖啡时娓娓道来作为谈资以增雅兴的话，无疑又是一种物质之外的绝妙享受。无论如何，拒绝享受时不对的。”&lt;/p&gt;
&lt;/blockquote&gt;
&lt;p&gt;这话读来舒服。舒服在于它的“不强求”——既不逼你成为咖啡学究，也不阻止你享受那杯中物。可仔细咂摸，又觉得哪里不对劲。享受便享受，为何非要“娓娓道来”才显得“绝妙”？说到底，还是文人那点虚荣心在作祟，仿佛不抖落些典故，这咖啡就白喝了。&lt;/p&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;“在我们这样一个有着悠久的嗜茶传统的国度里，人们对咖啡的了解实在很少，倘使有机会得知多一些咖啡的知识，以帮助你更好地享受咖啡，为什么不呢？”&lt;/p&gt;
&lt;/blockquote&gt;
&lt;p&gt;没有居高临下的说教，只是一个读书人的善意提醒。但“更好的享受”几个字，细想之下颇为吊诡——难道不知道咖啡产地和烘焙程度的，就不配享受一杯咖啡了吗？知识这东西，有时是阶梯，有时是负担。把它端到“时尚”的高度供着，反而离生活远了。&lt;/p&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;“倘使你并不是咖啡烘焙师或者咖啡馆老板，最好以一种欣赏和享受的态度去调制咖啡和饮咖啡。就算你在咖啡馆面对决定你公司生死大事的客户，也不要太过紧张。”&lt;/p&gt;
&lt;/blockquote&gt;
&lt;p&gt;“处大变而不惊是人们最欣赏的一种气度”——说这话的人，怕是经历过不少“大事”的。一个能在咖啡馆里保持从容的人，不是故作镇定，而是真的把咖啡当回事了。不浪费一滴好咖啡，是尊重杯中物，更是对自己的尊重。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;至于后面那番关于“时尚”的议论，读来颇有些自嘲的意味。作者显然对“时尚人士”这个标签有些不自在，急着要撇清自己。我倒觉得大可不必。喜欢咖啡不是罪，被人视为“时尚”也不是骂人的话。真正累的，是明明喜欢，却要假装不喜欢；或者明明不喜欢，却要假装喜欢。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;聊完咖啡，再看音乐。&lt;/p&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;“在录音技术尚未发明的年代，音乐的传播尚处在当面或当众演奏或演唱的阶段，音乐欣赏具有小众化的特征。而随着录音技术、记录介质和播放设备的发明、创造、生产和逐渐普及，尤其是音乐作品可以通过广播电视等大众传媒传播后，情况就发生了根本性的改变，欣赏音乐呈现出了大众化的特征——不再存有所谓的底层世俗和宫廷、贵族的趣味和气息，而是为大众所共享。”&lt;/p&gt;
&lt;/blockquote&gt;
&lt;p&gt;这是技术改变文化的绝佳注脚。录音技术让音乐从“此时此地”走向“随时随地”，门槛降低了，壁垒消融了。可作者接下来笔锋一转，开始探讨“音乐欣赏层次”，这就有意思了。&lt;/p&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;“这种立体思维，就不仅仅是钻在旋律是否好听、歌词能否引发共鸣的人所具备的了。这种立体思维的好处是，能统领和驾驭音乐的神髓，宏观地、全方位地、多维度地审视音乐本身，理性地借鉴和吸纳其创作手法和养料，继而为我所用。”&lt;/p&gt;
&lt;/blockquote&gt;
&lt;p&gt;“立体思维”——这个词用得漂亮。但我更喜欢后面那句：&lt;/p&gt;
&lt;blockquote&gt;
&lt;p&gt;“对非音乐专业但同样具备理性的欣赏能力的人来说，不懂和声、对位、复调、配器等未见得是一件痛苦的事。相反，他们能调集自己的生活经历和人生阅历，统括自身的专业特长，融会贯通，在同一个高度感知和生发音乐欣赏的理性光芒。”&lt;/p&gt;
&lt;/blockquote&gt;
&lt;p&gt;这是对“专业门槛”的一次温柔拆解。不会画画的不影响欣赏画作，不懂乐理的难道就不能听音乐了？人生阅历本身就是最好的鉴赏力。这话让那些“五音不全”却热爱音乐的人，总算可以理直气壮一回了。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;咖啡与音乐的关系，大概都是“享受”二字。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;但享受从来不是坏事。拒绝享受才是。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;问题是，我们享受的到底是什么？是那杯咖啡本身，还是端起咖啡杯时自我感觉良好的那点姿态？是音乐本身，还是“在听巴赫”带来的那点优越感？&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;这个问题，我想了很久。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;后来想明白了——管它呢。咖啡好喝，音乐好听，就够了。那些“典故趣闻”、“立体思维”，是锦上添花的东西。有，固然好；没有，也不妨碍我们成为理直气壮的爱好者。&lt;/p&gt;
&lt;p&gt;毕竟，活着已经够累的了。&lt;/p&gt;</description></item></channel></rss>